Климат района расположения заказника носит муссонный характер. Его отличительными чертами являются сезонная смена направления ветров, высокая относительная влажность воздуха, обильные осадки, частые зимние метели, мощный снеговой покров.
Климат равнинной тундрово-лесоболотной области западного побережья характеризуется как морской умеренный, с продолжительной малоснежной и холодной зимой, непродолжительным и довольно прохладным летом.
Зима длится 160-170 дней с ноября до середины апреля. Средняя температура февраля равна -15, -18 °С , абсолютный минимум достигает -45, -50 ° С . Осадков за зиму выпадает не более 150-250 мм. Высота снежного покрова достигает 65-85 см на защищённых участках. Значительный снежный покров предохраняет почву от чрезмерного промерзания, и поэтому вечная мерзлота отсутствует.
Весна прохладная и затяжная - с середины апреля до первой декады июля.
Лето длится около двух месяцев - с первой декады июля по первую пятидневку сентября, прохладное. Средняя температура августа не превышает 11-12 °С. Абсолютный максимум достигает 30 °С.